吕小荣

最近脾气暴躁,总结了控制情绪的一些习惯,虽然小,但是实用.
1. 说话时面对微笑.
向@李宁,@文磊学习.

2. 发火前冷静5min,分清对人还是对事.

• 对于混蛋,就该给他点颜色看看;
• 有些人做事情的方式不合拍,这种情况发火解决不了问题. 比如轩源与我的这次矛盾: 原因就是他认为很重要的事情,我没有提供.(其实我已经口头提供过了),说明我们的工作方式有冲突.

3. 工作时,不要板着脸.
向影帝学习.

4. 别人打断自己工作时,面带微笑让他等5min.
自己曾经亲身体会过别人的”冷漠”,因此不要把冷漠带给别人,尤其是新人.

5. 不要放狠话.
说出去的话犹如泼出去的水.一次口误需要N倍的时间来挽回局面,甚至无法挽回,比如友情.
我继承了父亲的恶习,一定要改掉.

6. 朋友面前不要肆无忌惮
越是朋友,越无拘无束.很多话不经过大脑,无意中中伤了朋友.以后对朋友多称赞,少打击.这不是心机,是珍惜.

每日自省,修身养性.

本文译自PubMed Central 官方文档

知识背景

• 1. 什么是OAI?
• 2. OAI-PMH(OAI收割协议)
• 3. Open Archives Initiative 官方网站

Open Archives Service
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OAI产生的背景

每个图书馆有不同的内容,如何将某一个服务器上的电子文档能被全世界的获取到?
如何在分布的小服务器(arichive center)之间实现信息的有效检索和互操作?
1999年10月,美国圣达菲着了了一次刮目与促进电子文档发展的研讨会,定义了一个标准 OAI,其目的是形成一个使用收获元数据机制来提高不同数据仓库之间的互操作能力的协议.

角色

• 1. data provider (元数据提供者,Repository/archive)
• 2. service provider (服务提供者)
• 3. 注册机构

OAI协议运作模式

• 1. 数据的提供方与服务提供首先要在注册服务器进行注册,确保两者都符合OAI协议的规范;
• 2. 数据提供方(data provider)将元数据存储在支持OAI协议的服务器(Repository)上;
• 3. 服务提供方(service)通过OAI协议请求命令向data provider发起请求,接收回应.所有的请求和回应方式为Http的Get与Post操作.

元数据格式
每个数据提供方可能存在着不同的元数据格式,必须统一为都柏林元数据标准(dublin core metadata).

评语
OAI只是组织数字对象的元数据,并不涉及数字对象本身.对用户来讲,用处基本不大.
相同的资源存储在世界各地,数据冗余很严重,通过共享meta信息,妄想实现基于实现全球数据网络整合,本身就是一个弯路,完全可以将数据保存在云端,不同的图书馆根据等级获取不同的数据权限.

本文旨在分享经验给developer of NLM data.阅读此文需要的背景知识包括:

1.MARC

2. LocatorPlus

美国国立医学图书馆的书目信息有好几个版本的数据库给不同的开发者,比如Catfile,CatfilePlus,Serfile,LSIOU.那么他们之间的关系是什么呢? 本文通过思维导图来阐释.

一. NLM Bibliographic Product

1.1 Catfile

Catfile= cat(catalog)+file. Catalog在图书情报学中的含义为编目.

LocatorPlus中的书目信息繁杂,只有部分书籍(或期刊)被完整的编目过.

在LocatorPlus中以MARC视图查看这些书目信息, 第995字段的值为”AUTH”,第999字段的值为”AUTH”或”CIP”,Catfile就是这类书目信息的汇总数据.

1.2 CatfilePlus

CatfilePlus是Catfile的加强版,收录的书目除了被NLM正式编目过的书目,还包括合作伙伴提供的专著等.

1.3 Serfile

Serfile= ser(serials)+file. serial在这里可不是电视连续剧的意思,在图书情报学中解释为期刊.

LocatorPlus中的期刊信息有的被NLM编目,有的未被编目,serfile照单全收,这两类信息都囊括进来.

二. LocatorPlus

LocatorPlus是Web版的编目信息查看工具,可以查看NLM及其他图书馆的期刊,图书,视听材料的编目信息.

2.1 按内容

2.2 按数据来源

三.  LSIOU

LSIOU(List of Serials Indexed for Online Users)包括所有曾经被Medline收录,并且用MeSH词标引过的期刊.这些期刊可能已经停刊,刊名或许已经改变,或者不再被medline收录.只要曾经被收录过,它就会在LSIOU中留下足迹.

2012版的LSIOU包括14417本杂志的信息,其中5589种目前被Medline收录,其他期刊早已物是人非,要么停刊,要么刊名已变,要么已经不被收录.

参考资料

1. Catfile,CatfilePlus,Serfile: http://www.nlm.nih.gov/databases/leased_tsd_marc.html

2. LSIOU: http://www.nlm.nih.gov/tsd/serials/lsiou.html

3. LocatorPlus: http://locatorplus.gov/

XML格式的MeSH中,语义相近的词(Term)被归为一个概念(Concept),概念与补充概念词(Supplementary Concept Records)不同,请勿混淆.每个主题词有多个概念构成,每个概念又由多个同义词构成,例如:

Cardiomegaly [Descriptor]
     Cardiomegaly                      [Concept, Preferred]
          Cardiomegaly                    [Term, Preferred]
          Enlarged Heart                  [Term]
          Heart Enlargement               [Term]
     Cardiac Hypertrophy               [Concept, Narrower]
          Cardiac Hypertrophy             [Term, Preferred]
          Heart Hypertrophy               [Term]

心脏肥大(cardiomegaly)这个主题词由2个概念,5个同义词构成. 每个概念(concept)用最常用的同义词(Term)命名,同理每个主题词用最常用的概念命名. 由此可以得出: 主题词(descriptor)=最常用的同义词(Term)

同一概念内的同义词可能差别不大,但是隶属于不同概念之间的同义词的意义可能相去甚远.

• eg: 

拿这个复杂的主题词举例,它有3个概念,12个同义词.

AIDS Dementia Complex [Descriptor]
     AIDS Dementia Complex                                   [Concept, Preferred]
          AIDS Dementia Complex                                 [Term, Preferred]
          Acquired-Immune Deficiency Syndrome Dementia Complex  [Term]
          AIDS-Related Dementia Complex                       [Term]
          HIV Dementia                                          [Term]
          Dementia Complex, Acquired Immune Deficiency Syndrome [Term]
          Dementia Complex, AIDS-Related                        [Term]
     HIV Encephalopathy                                       [Concept, Narrower]
          HIV Encephalopathy                                    [Term, Preferred]
          AIDS Encephalopathy                                   [Term]
          Encephalopathy, HIV                                   [Term, Preferred]
          Encephalopathy, AIDS                                  [Term]
     HIV-1-Associated Cognitive Motor Complex                [Concept, Narrower]
          HIV-1-Associated Cognitive Motor Complex              [Term, Preferred]
          HIV-1 Cognitive and Motor Complex                     [Term]

• eg:

另外一个例子

Exercise [Descriptor]
     Exercise                    [Concept, Preferred]
          Exercise                  [Term, Preferred]
          Exercise, Physical        [Term]
     Exercise, Aerobic           [Concept, Narrower]
          Exercise, Aerobic         [Term, Preferred]
          Aerobic Exercise          [Term]
     Exercise, Isometric         [Concept, Narrower]
          Exercise, Isometric       [Term, Preferred]
          Isometric Exercise        [Term]

• eg:

再举个化学物质的例子

Aspirin [Descriptor]
     Aspirin                        [Concept, Preferred]
          Aspirin                      [Term, Preferred]
          Acetylsalicylic Acid         [Term]
          2-(Acetyloxy)benzoic Acid    [Term]
     Solprin                        [Concept, Narrower]
          Solprin                      [Term, Preferred]
     Ecotrin                        [Concept, Narrower]
          Ecotrin                      [Term, Preferred]

这种标准的三层结构仅用于呈现一个主题词,主题词与主题词之间的结构用MeSH树状结构表示.MeSH的XML文件中包含这两种结构.

目前MeSH Concept并未应用于Medline索引,PubMed搜索,但它已经在其他领域大展身手,比如供分析师创建更新MeSH词,与统一医学语言系统(Unified Medical Language System,UMLS)整合,构建MeSH翻译维护系统(MeSH Translation Maintenance System).在未来的日子里,MeSH concept一定能在高级信息检索中获得更高层次的应用.

更多信息

1. “Concepts, synonyms, and Descriptor structure” in Introduction to MeSH in XML format.

2. NLM Technical Bulletin article Changes in MeSH Data Structure (includes the example “AIDS Dementia Complex”).

3. The poster presentation Redefining a Thesaurus (includes the example “Exercise”).

4. Book Chapter Relationships in Medical Subject Headings.

5. The section “Concept Structure of MeSH” in the article The MeSH Translation Maintenance System and the related slide presentation The MeSH Translation Database (includes the example “Cardiomegaly”).

6. Articles Tracking Meaning Over Time in the UMLS® Metathesaurus®, and Beyond Synonymy: Exploiting the UMLS Semantics in Mapping Vocabularies, which explicate the role of Concepts in the UMLS Metathesaurus.

原文链接:http://www.nlm.nih.gov/mesh/concept_structure.html

近日在恶补图书情报学的知识,英文文档每天都在看,每天在学.但隔些日子这些文档在脑海中就被抹去了痕迹,再捧起来端详时似曾相识,无奈需要再重新读一次.

神奇的是,有些精彩的文章曾经细细咀嚼,翻译了放到博客中,这些文章即使再过一个月也很难忘记.于是乎我又开始反思效率了.

翻译的好处:

1. 深挖坟

任何知识都是由概念以及概念之间的关系构成.

速读时碰到不懂的概念,经常会在潜意识里逃避.贪多嚼不烂,当堆积的未知概念过多是,新知识的学习肯定卡壳.

翻译的文章是给人看得,参考引用要标注,逼着自己去wiki,google,把不清晰的概念描述清晰,以飨读者.无形之中把知识背景,讲解重点都梳理了一边.

最终的状态就是:读者容易理解,作者脉络清晰.

2. 思考透彻

翻译或精度的时候大脑的知识结构和新知识开始碰撞,脑海变为思维的竞技场:

• 模糊的知识开花结果,修成正果;
• 新学科在主干分叉发芽;
• 新旧知识纵横交错,触类旁通.

最终个人知识重构了.

3. 尊重读者

文章是给人看得,总要对的起自己这张脸.要逼着自己理解透彻,成为这方面的专家,否则还好意思在圈儿里混?

@xiaoronglv

一. MeSH Browser

网址：http://www.nlm.nih.gov/mesh/MBrowser.html

二. MeSH Browser介绍

MeSH Browser是在线查看医学主题词(Medical Subject Heading, MeSH)工具. 你可以检索,浏览感兴趣的主题词的scope notes(不知何意), 注释(annotations), 入口词(entry vocabulary), 历史备注(history notes), 限定词(allowable qualifiers)等,查看该主题词与其他主题词的层级关系.这个工具只是一个快速检索MeSH词的工具, 并不是PubMed的替代产品.

MeSH Browser中的MeSH词实时更新, 每周都会追加补充概念主题词词.

无需专业词汇及语法规则就可以使用MeSH Browser检索感兴趣的主题词.比如你输入male neoplasm, MeSH Browser的显示结果如下:

Breast Neoplasms, Male (a MeSH descriptor)
Genital Neoplasms, Male (a MeSH descriptor)
Male Breast Neoplasms (an entry term to MeSH)
Male Genital Neoplasms (an entry term to MeSH)
Etc.

通过以下条件来过筛选检索结果:

• 主题词 (Main Heading)
• 限定词 (Qualifiers)
• 补充概念主题词 (Supplementary Concepts)
• 以上全部 (All of the Above)

• Heading Mapped To (HM) (Supplementary List)
• Indexing Information (II) (Supplementary List)
• Pharmacological Action (PA)
• CAS Registry/EC Number (RN)
• Related CAS Registry Number (RR)

浏览单个主题词时,与之相关的各个字段都会显示出来,比如收录指南,定义等.

 

概念视图(Concept View)

查看主题词或者扩展补充概念主题词时可以选择”概念结构”(Concept Structure)来查看存储在xml中的结构样式. (点此下载)

1. 概念视图(concept view)

概念将同义词条归纳为一个概念.详情请参考Concept Structure in XML MeSH. 概念视图可以提供简化的结构,比如词与备注.

2. 扩展概念视图(expanded concept view)

扩展视图显示更丰富的概念属性,例如:概念唯一的ID(concept UI),语义类型(Semantic Type),专家词典(Lexical).这些数据存储在xml中,MeSH Browser读取数据并呈现出来.点击查看XML所有的元素

电话(美国):
(301) 496-1495 (voice)
(301) 402-2002 (fax)

一. About MedlinePlus

MedlinePlus是美国国家医学图书馆(隶属于美国国立卫生研究院)创建的一个公众健康网站,它的目标用户为病人,家人,以及朋友. MedlinePlus以通俗的语言介绍疾病,症状,以及其他健康问题.世界各地均可免费访问,内容实施更新,值得信赖.

在MedlinePlus你可以:

• 学习最新的治疗方案;
• 寻找药物信息;
• 了解专业术语;
• 查看视频或图谱.
• 如果你对某个症状或疾病感兴趣,通过超链接可以查看相关的医学研究.

最近在学习图书情报方面的知识,看英文的原版文献遇到很多不懂的概念,无意中发现了图书情报学老师的诸多博客.他们在博客中沉淀的知识不仅帮我理清了思路,更让我看到了图书情报的发展趋势,好的文章要一起分享.

个人博客

• 编目精灵
• Nalsi的西文编目笔记
• Keven
• 书蠹精
• 雨禅